У структурі Головного управління ДФС у Чернігівській області функціонує відділ внутрішньої безпеки. Його робота направлена на виконання завдань державної політики з протидії корупції в податкових та митних органах, усунення причин та умов, що її породжують, викорінення зловживань і попередження правопорушень з використанням службового становища.
Також, на контролі відділу - забезпечення дотримання норм етики державними службовцями та створення сприятливих умов для ефективної реалізації податкового законодавства.
З метою захисту законних прав та інтересів громадян, своєчасного виявлення та реагування на протиправні дії, вживається  ряд відповідних заходів. Зокрема, проводиться перевірка звернень, повідомлень та заяв громадян щодо незаконних дій з боку працівників органів ДФС області.
З метою зниження рівня корупції у податковій та митній сфері, за 8 місяців 2016 року працівниками відділу внутрішньої безпеки проведено 62 службових розслідування та перевірки. За їх результатами 8 матеріалів спрямовано до правоохоронних органів для прийняття рішення.
За матеріалами відділу внутрішньої безпеки, органами прокуратури відкрито 4 кримінальні провадження стосовно працівників податкової та митної служби за фактами скоєння службових злочинів. А саме: 1 - за фактом вимагання та отримання неправомірної вигоди, 1 - за фактом зловживання службовим становищем посадовими особами митного посту при виконання посадових обов’язків, 2 - за фактом неналежного виконання службових обов’язків посадовими особами митниці.
На адресу керівництва Чернігівської митниці ДФС та територіальних органів ДФС у Чернігівській області направлено 29 подань, вжито заходів реагування стосовно 25 посадових осіб, 2 працівники звільнено з органів ДФС, притягнуто до дисциплінарної відповідальності 15 посадовців, 2 – винесено офіційне застереження.
Також, за матеріалами відділу внутрішньої безпеки відкрито 4 кримінальних провадження за фактами незаконного виготовлення, зберігання, збуту або транспортування з метою збуту підакцизних товарів та фіктивного підприємництва. Вилучені речові докази на суму понад 1 млн. грн., фальсифіковану алкогольну продукцію на суму понад 2,4 млн. грн. та контрафактні паливно-мастильні матеріали більш, ніж на 4 млн. гривень, складено 6 протоколів про порушення митних правил. До бюджету стягнуто 617 тис. гривень.
 
Начальник відділу внутрішньої безпеки Олексій Мисенко звертається до представників бізнесу та підприємців не боятись повідомляти про протиправні дії з боку працівників податкових чи митних органів області. В цьому вам допоможе телефон «Довіри» внутрішньої безпеки ГУ ДФС у Чернігівській області: (0462) 668-522. За кожним фактом буде проведена ретельна перевірка і вжито відповідних заходів. У разі надання вами інформації про хабарництво чи зловживання службовим становищем з боку митників чи податківців, керівництво відділу особисто виїжджатиме на зустрічі для конфіденційного спілкування. Будемо вдячні за об’єктивну інформацію.