Питання зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування регулюється п. 201.16 ст. 201 Податкового кодексу України (далі – Кодекс), Постановою Кабінету Міністрів України від 26 квітня 2017 року № 341 (далі – Постанова), якою Порядок ведення Єдиного реєстру податкових накладних викладено в новій редакції, наказом Міністерства фінансів України від 13.06.2017  № 567 «Про затвердження Критеріїв оцінки ступеня ризиків, достатніх для зупинення реєстрації податкової накладної/ розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних та Вичерпного переліку документів, достатніх для прийняття рішення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних», зареєстрованим у Міністерстві юстиції України 16 червня 2017 року за № 754/30622 та наказом Міністерства фінансів України  від 13.06.2017 № 566 «Про затвердження Порядку роботи комісії Державної фіскальної служби України, яка приймає рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації», зареєстрованим в Міністерстві юстиції України 16 червня 2017 року за № 752/30622.
Система автоматизованого моніторингу відповідності податкових накладних / розрахунків коригування критеріям оцінки ступеня ризиків, достатніх для зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі – СМКОР) запроваджено відповідно до вимог пункту 74.2 статті 74 глави 7 розділу ІІ Кодекс.
У разі відповідності податкових накладних/розрахунків коригування критеріям оцінки ступеня ризиків, достатнім для зупинення реєстрації таких податкових накладних/розрахунків коригування відповідно до пункту 201.16 статті 201 Кодексу, формується квитанція про зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування. Така квитанція надсилається постачальнику (продавцю) та отримувачу (покупцю) – платнику податків.
Відповідно до пункту 201.16 статті 201 Кодексу, платник податку має право подати протягом 365 календарних днів, що настають за датою виникнення податкового зобов'язання, відображеного у такій податковій накладній/розрахунку коригування пояснення та/або копії документів, зазначені у підпункті «в» підпункту 201.16.1 пункту 201.16 статті 201 Кодексу.
Пояснення можна подати у вигляді Повідомлення щодо подачі документів про підтвердження реальності здійснення операцій по відмовленим ПН/РК за формою J(F)1312601 (Повідомлення).
Повідомлення (J(F)1312601) формується по кожній окремо податковій накладній/розрахунку коригування, реєстрацію якої зупинено в ЄРПН, та до такого Повідомлення додаються копії документів у вигляді окремих додатків за формою J(F)1360101 у форматі PDF (розмір кожного додатку не повинен перевищувати 2 МБ).
Вичерпний перелік документів, достатніх для прийняття рішення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в ЄРПН, який затверджено наказом Міністерства фінансів України №567. 
Податкові накладні/розрахунки коригування,  реєстрацію яких було зупинено реєструються у день прийняття комісією рішення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування, а також у день набрання законної сили рішенням суду про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування (у разі надходження до ДФС відповідного рішення суду).