Порядок ведення Єдиного реєстру податкових накладних ( далі – ЄРПН), затверджений наказом Міністерства доходів і зборів України від 25.11.2013р. № 708, визначено механізм внесення відомостей, що містяться у податковій накладній та/або розрахунку коригування кількісних і вартісних показників до неї, до ЄРПН платників ПДВ – продавців товарів ( послуг), звіряння даних, що містяться у виданих платникам такого податку – покупця товарів ( послуг) податковій накладній та розрахунку коригування, з відомостями, які є у ЄРПН.
            Чинним законодавством не передбачено можливості вилучення з ЄРПН податкової накладної, якщо вона не підлягала реєстрації в такому реєстрі, але помилково зареєстрована платником податку.
            При цьому платник має право зареєструвати в ЄРПН правильно оформлену податкову накладну, яка підлягає включенню до реєстру виданих та отриманих податкових накладних і відображенню в декларації контрагента.
            Крім того, наявність в ЄРПН податкової накладної з помилками спричиняє розбіжності між даними ЄРПН та сумою податкового кредиту платника податку – покупця. Ці розбіжності є інформацією, що свідчить про можливі порушення платником податків податкового законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи. На письмовий запит контролюючого органу платник податку протягом 10 робочих днів повинен надати пояснення щодо суті таких розбіжностей. Ненадання таких пояснень є однією з підстав, за наявності якої здійснюється документальна позапланова перевірка платника податку ( пп.78.1.1 п. 78.1 ст. 78 Податкового кодексу України)