Відповідно до пункту 56.23 статті 56 Податкового кодексу України Рішення про відмову у реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі – Рішення) може бути оскаржено в адміністративному або судовому порядку.
Так, скарга на рішення про відмову у реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних подається в електронній формі засобами електронного зв’язку, визначеними ДФС, з урахуванням вимог Законів України “Про електронний цифровий підпис”, “Про електронні документи та електронний документообіг” та Порядку обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого в установленому порядку.
Платник податку у разі отримання рішення про відмову у реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних має право протягом 10 календарних днів з дня набрання чинності Рішення (якщо останній день строку припадає на вихідний, неробочий або святковий день, останнім днем такого строку вважається перший робочий день, що настає за вихідним, неробочим або святковим днем) подати на розгляд Комісії ДФС з питань розгляду скарг Скаргу на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації за формою J(F)1313201. До Скарги на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації подаються документи про підтвердження реальності здійснення операцій по відмовленим податковим накладним/розрахункам коригування за формою J(F)1312601.
Необхідно врахувати, що Скарга на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації подається на кожне Рішення окремо із зазначенням кількості документів, яке має числове значення. Кожен документ надсилається окремим додатком у форматі pdf та повинен мати розмір не більше 2 мегабайт.
У разі відкликання скарги на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації до прийняття рішення комісією ДФС з питань розгляду скарг, платник податків має право подати заяву про відмову від поданої ним Скарги на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації за формою J(F)1313301.
Електронні формати Скарги та Заяви розміщенні на офіційному веб-порталі ДФС у розділі «Електронна звітність» / Платникам податків про електронну звітність / Інформаційно-аналітичне забезпечення / Реєстр електронних форм податкових документів.
 
Платники податків матимуть сервіс для створення та надсилання скарги на рішення комісій, які приймають рішення про реєстрацію податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних або відмову в такій реєстрації з додатками  та заяву про відмову від поданої ним Скарги через особистий кабінет «Електронний кабінет», вхід до якого здійснюється за адресою: cabinet.sfs.gov.ua, а також через офіційний веб-портал ДФС України. Також для формування Скарги або Заяви в електронному вигляді платник податків самостійно на власний розсуд може обрати будь-яке програмне забезпечення, яке формує вихідний файл відповідно до затвердженого формату (стандарту).