Новостворені неприбуткові організації мають можливість отримати статус неприбуткових організацій для цілей оподаткування з дня їх державної реєстрації – разі подання в установленому порядку документів для внесення до Реєстру неприбуткових установ та організацій під час або протягом 10 днів з дня державної реєстрації.
Порядок ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій, включення до Реєстру та виключення з Реєстру затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року №440.
Для включення до Реєстру неприбуткова організація повинна подати до фіскального органу:
- реєстраційну заяву за формою 1-РН згідно з додатком 1 до зазначеного Порядку;
- засвідчені підписом керівника та скріплені печаткою (за наявності) копії установчих документів (крім тих, що оприлюднені на порталі електронних сервісів);
- а житлово-будівельні кооперативи повинні подати також засвідчені підписом керівника та скріплені печаткою (за наявності) копії документів, що підтверджують дату прийняття в експлуатацію закінченого будівництвом житлового будинку та факт спорудження або придбання такого будинку житлово-будівельним (житловим) кооперативом.
За результатами розгляду реєстраційної заяви та документів, що додаються до неї, протягом 14 календарних днів з дня їх отримання фіскальним органом приймається рішення про:
- включення, відмову у включенні неприбуткової організації до Реєстру;
Відповідне рішення за формою згідно з додатком 2 до Порядку готується у двох примірниках, один з яких надається неприбутковій організації, а другий залишається у фіскальному органі.
 
Для діючих неприбуткових організацій, які не включені до нового Реєстру неприбуткових організацій №440, до 1 липня 2017 року подовжено строк приведення установчих документів до вимог Податкового кодексу і подання їх копій до фіскального органу з метою включення до нового Реєстру. Релігійним неприбутковим організаціям цей термін продовжено до 1 січня 2018 року.