Процедура зняття з обліку самозайнятих фізичних осіб як платників податків у контролюючих органах визначена п.11.22 Порядку обліку платників податків і зборів, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 09.12.2011 № 1588.
Підставою для зняття фізичної особи - підприємця з обліку у контролюючому органі є відомості про державну реєстрацію припинення підприємницької діяльності фізичної особи - підприємця за її рішенням, або за судовим рішенням, або у разі її смерті, або оголошення її померлою, або визнання її безвісно відсутньою, а також відомості відповідної реєстраційної картки.
Дата зняття з обліку фізичної особи - підприємця відповідає даті отримання відомостей про державну реєстрацію припинення підприємницької діяльності фізичної особи - підприємця.
Державна реєстрація припинення підприємницької діяльності фізичної особи не припиняє її зобов’язань, що виникли під час провадження підприємницької чи незалежної професійної діяльності, та не змінює строків, порядків виконання таких зобов’язань та застосування санкцій за їх невиконання.
Після державної реєстрації припинення підприємницької діяльності фізична особа продовжує обліковуватись у контролюючих органах як фізична особа - платник податків, яка отримувала доходи від провадження підприємницької діяльності.
Така фізична особа має забезпечити остаточні розрахунки з податків від провадження підприємницької діяльності, в установлені строки подати відповідному контролюючому органу річну податкову декларацію за звітний рік, у якому проведено державну реєстрацію припинення підприємницької діяльності фізичної особи - підприємця.
 
Контролюючий орган може призначити та провести документальну перевірку такої фізичної особи - платника податків за наявності підстав та з урахуванням строків давності, передбачених Податковим кодексом України.