З 1 січня 2016 року набрав чинності Закон України від 24.01.2015 №909-VIII “Про внесення змін до Податкового кодексу України та деяких законодавчих актів України щодо забезпечення збалансованості бюджетних надходжень у 2016 році”, який вніс зміни в оподаткуванні податком на додану вартість суб’єктів господарської діяльності, які застосовують спеціальний режим оподаткування у сфері сільського господарства.
Так, залежно від операцій, які здійснюють сільськогосподарські підприємства – суб’єкти спеціального режиму, позитивна різниця між податковими зобов’язаннями та податковим кредитом звітного періоду, розподіляється та перераховується до Державного бюджету України та на спеціальні рахунки сільгоспвиробників, які відкриті ними в установах банків та/або в органах, що здійснюють казначейське обслуговування бюджетних коштів,  у таких співвідношеннях (п.209.2 ст.209 ПКУ):
         за операціями із сільськогосподарськими товарами/послугами (крім зернових і технічних культурта продукції тваринництва) – 50 відсотків до державного бюджету, решта 50 відсотків – на спецрахунки;
        за операціями із зерновими і технічними культурами – 85 відсотків до державного бюджету, 15 відсотків – на спецрахунки;
        за операціями з продукцією тваринництва – 20 відсотків до державного бюджету, 80 відсотків – на спецрахунки.
         Для забезпечення розрахунків з бюджетом та перерахування коштів на спеціальні рахунки, сільськогосподарським підприємствам, які станом на 01.01.2016  були зареєстровані суб’єктами спеціального режиму оподаткування, Державна казначейська служба України в доповнення до вже відкритих суб’єктам спецрежиму  рахунків, на які перераховуються кошти для розрахунків з бюджетом (3751) та для перерахування коштів на спеціальні рахунки (3752), відкрила три додаткові рахунки в системі електронного адміністрування ПДВ для кожної з вищезазначених операцій:
        рахунки 3753 (призначені для перерахування коштів до Державного бюджету України та на їх спеціальні рахунки, відкриті в установах банків та/або органах, що здійснюють казначейське обслуговування бюджетних коштів, для здійснення операцій з постачання сільськогосподарських товарів/послуг);
        рахунки 3754 (призначені для перерахування коштів до Державного бюджету України та на їх спеціальні рахунки, відкриті в установах банків та/або органах, що здійснюють казначейське обслуговування бюджетних коштів, для здійснення операцій з постачання зернових та технічних культур);
       рахунки 3755 (призначені для перерахування коштів до Державного бюджету України та на їх спеціальні рахунки, відкриті в установах банків та/або органах, що здійснюють казначейське обслуговування бюджетних коштів, для здійснення операцій з постачання продукції тваринництва).
        Сільськогосподарські підприємства зараховують кошти на власні рахунки в системі електронного адміністрування ПДВ(3753, 3754, 3755). Зараховані сільгоспвиробниками кошти на електронні рахунки 3753, 3754, 3755 автоматично протягом наступного операційного дня за днем, в якому вони надійшли на такі рахунки, перераховуються органом, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, на рахунки 3751 та 3752  у  розмірах, що встановленіпунктом 209.2 статті 209 ПКУ.
        Для реєстрації в ЄРПН податкових накладних, які складені сільгоспвиробниками  з 01.01.2016, та для сплати сум ПДВ до бюджету, а також на спеціальні рахунки  при здійсненні, починаючи з 01 січня 2016 року, операцій з постачання сільгосппродукції сільськогосподарські товаровиробники повинні перерахувати необхідні кошти на додаткові електронні рахунки, відкриті для здійснення відповідного виду операцій.
       Для визначення рахунку, наякий необхідно перераховувати кошти, слід враховувати, що згідно з пунктом 209.19 статті 209 Податкового кодексу з метою застосування пункту 209.2 і підпункту 209.15.1 пункту 209.15 ПКУ:
     зернові культури - зернові культури товарних позицій 1001 - 1008 згідно з УКТ ЗЕД;
     технічні культури - технічні культури товарних позицій 1205 і 1206 00 згідно з УКТ ЗЕД;
      продукція тваринництва - продукція товарних позицій 0102 і 0401 згідно з УКТ ЗЕД.
       Встановлений Податковим кодексом порядок перерахування коштів на електронні рахунки, з електронних рахунків на спеціальні рахунки сільськогосподарських товаровиробників та до Державного бюджету застосовуються до операцій з постачання сільськогосподарської продукції, що здійснюються починаючи з 01.01.2016 року.  
      Кошти, які необхідні для забезпечення реєстрації складених у 2015 році податкових накладних, які реєструються в ЄРПН після 1 січня 2016 року, перераховуються на додаткові електронні рахунки (3752), які були відкриті сільгосппідприємствам у 2015 році. Якщо за результатами останнього звітного періоду 2015 року в податковій звітності з ПДВ (0121-0123) визначено суми для перерахування на спеціальний рахунок, і такі суми не було перераховано на додатковий електронний рахунок, або було перераховано не в достатньому розмірі, суми податку, необхідні для перерахування на спеціальний рахунок за результатами подання звітності, також перераховуються на додаткові електронні рахунки (3752), які відкриті сільськогосподарським товаровиробникам у 2015 році.