Відповідно до п.209.2 ст.209 Податкового кодексу України сума податку на додану вартість, нарахована сільськогосподарським підприємством на вартість поставлених ним сільськогосподарських товарів/послуг, не підлягає сплаті до бюджету т повністю залишається в розпорядженні сільськогосподарського підприємства для відшкодування сум податку, сплаченої (нарахованої) постачальнику на вартість виробничих факторів, за рахунок яких сформовано податковий кредит, а за наявності залишку такої суми податку – для інших виробничих цілей.
            При цьому п.123.2 ст.123 ПКУ передбачено, що використання платником податків сум, що не сплачені до бюджету внаслідок отримання ( застосування) податкових пільг, не за призначенням та/або всупереч умовам чи цілям її надання згідно із законом з питань відповідного податку, збору, платежу додаткового до штрафів, передбачених п.123.2.ст. 123 ПКУ тягне за собою стягнення до бюджету суми податків, зборів, платежів, що підлягали нарахуванню без застосування податкової пільги. Сплата штрафу не звільняє таких осіб від відповідальності за умисне ухилення від оподаткування.
            Однак, система електронного адміністрування ПДВ передбачає, що сума податкових зобов’язань з ПДВ, зазначена платником у поданій ним податковій декларації, підлягає перерахуванню до бюджету на спеціальний рахунок платника – сільськогосподарського підприємства, що обрало спеціальних режим відповідно до ст. 209 ПКУ (далі – спеціальний рахунок), не платником, а органом, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, з рахунку такого платника у системі електронного адміністрування ПДВ на підставі реєстру ДФС України.
            Відповідно до вимог ст..200 прим.1 ПКУ та Порядку електронного адміністрування ПДВ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 16.10.2014р. №569, платник податку з метою сплати узгоджених зобов’язань з ПДВ повинен у строки, встановлені ПКУ для самостійної сплати податкових зобов’язань, забезпечити наявність необхідних коштів на  своєму електронному рахунку.
 
            Враховуючи зазначене, кошти, своєчасно зараховані суб’єктом спеціального режиму оподаткування на його електронний рахунок та не перераховані у визначений ПКУ термін на спеціальний рахунок та не перераховані у визначений ПКУ термін на спеціальний рахунок, не вважається такими, що використані сільськогосподарським підприємством не за цільовим призначенням, у зв’язку з чим штрафні санкції, визначені п.123.2 ст. 123 ПКУ, не застосовуються та такі кошти стягненню до бюджету не підлягають.